De archieven tonen zich een aantal eeuwen stil. Er zijn vondsten uit de Karolingische tijd in Alphen, de kleine samenleving zette zich dus voort, vermoedelijk waren zij verplicht tot het leveren van goederen en diensten aan de abdij van Echternach. In de 12e eeuw is het beheer door Echternach echter in verval geraakt. Echternach lag ver weg, lokale zaakwaarnemers en/of andere lokale heren hadden rechten overgenomen, hier met name de heer van Breda. Verschillende straatnamen in Alphen zijn genoemd naar vroege heren van Breda: van Leuven, van Liedekerke, van Gaveren, van Polanen, van Duivenvoorde en natuurlijk Engelbert (van Nassau).
In 1175 laat de abdij van Echternach de zielzorg van de Alphense kerk over aan de Norbertijnen van de abdij van Tongerlo. De abdij van Tongerlo was rond 1130 gesticht, lag veel dichterbij en kreeg de steun van de hertog van Brabant en lokale heren. De abdij van Echternach verkoopt ook aan de abdij van Tongerlo in 1205 het hof ter Zande (Kwaalburgse hoef), die Marsilius van Venrode in leen had gehouden. Een jaar ervoor verkreeg de abdij van Tongerlo al de Nieuwelandse hoef en het gebied er om heen van de heer van Breda. Ook komen ze in 1216 aan de Leeuwerckeneijck, in 1280 grond zuidelijk de Nieuwelandse hoef en in 1295 grond noordelijk. De abdij van Tongerlo bouwt in de loop van de jaren op de verkregen gronden vier andere hoeven. Voor 1401 de Kleine hoeve op de huidige Schellestraat. Voor 1413 de pastorie- of Koekeldonksehoeve en een pastorie op de Boslust (dit lag net op eigen grond van Tongerlo richting de kerk!). Rond 1600 werd de Grote-of Middellandsehoeve gebouwd en in 1630 de tweede hoeve bij Nuleynde. De gronden en hoeven bleven in het bezit van de abdij en werden verpacht aan lokale families tot de opheffing van de abdij in 1796. De pastorie bleef tot 1839 op de Boslust.
Behalve aan Tongerlo schenkt de heer van Breda ook de ontginningshoeve ter Brake aan de Tempeliers, waarschijnlijk al kort vóór 1175. In 1312, kort voor de opheffing van de orde, sluit de heer van Breda een akkoord met de orde, waardoor hun rechten worden afgebakend, zoals het recht op 1/3 van (ontginning van) de woeste gronden (hij houdt zelf 2/3). De Johannieterorde erft de rechten en bezittingen van de Tempeliers in Alphen. Zij houden het wat langer vol in Alphen dan de Tempeliers. Ze beschrijven in 1422 in een manueel hun bezittingen en cijnsrechten. Een mooi zicht in een deel van Alphen. Van iets later zijn de dorpskeuren: politiebepalingen van 1440 en regelingen omtrent het gebruik van de vroente (gemeenschappelijke heide) van 1475. In 1473 stond de overste van de Johannieterorde hun grond- en gerechtsheerlijke rechten af aan de heer van Breda: Jan IV van Nassau. Maar pas in 1616 koopt de toenmalige heer van Breda, de katholieke Philips Willem, oudste zoon van Willem van Oranje, de resterende bezittingen, waaronder het hof ter Brake (later Prinsenhoef). Op de goederen van de abdij van Tongerlo na, komen alle rechten in Alphen zo in het bezit van de Oranje Nassaus en later domeinen.
