De vrede van Munster in 1648 maakte een einde aan het oorlogsgeweld in de lage landen. Maar de kerk en de belangrijkste bestuursfuncties kwamen aan de protestanten. In Alphen kwamen deze hervormden allemaal van elders. De katholieke geloofsuitoefening mag minder opvallen en zo wordt er een schuur voor ingericht, in Alphen in die van Carel de Roy. Ook gaan de kinderen niet naar de protestantse schoolmeester, maar ze gaan bijvoorbeeld in 1662 naar school bij Peeter Baelmans en in 1665 naar Cornelis van Beurden, waarschijnlijk helemaal op Terover!
Bij de inval van de Fransen in 1672 is ook Alphen niet gespaard gebleven aan betalingen en vorderingen van diensten en goederen, overigens aan beide partijen. Dit gaat door in de jaren er na, tot ver in de achttiende eeuw. Diverse troepen komen langs, betalingen en leveringen worden verlangd. In 1682 en 1688 verteert prins Willem III (later Koning van Engeland, Schotland en Ierland) in Alphen, beide keren was hij op weg naar Maastricht. In 1701 worden Alphenaren weer ingeschakeld voor leveringen en werk aan de versterking van de verdedigingswerken van Breda. In die jaren erna komen Fransen wederom langs en vragen ze contributiebetalingen. Met de vrede van Utrecht (1713) kwam wat meer rust, maar er bleven militaire lasten. Opnieuw stegen deze lasten tijdens de Oostenrijkse successie-oorlog (1741-1748), zeker in de laatste jaren daarvan moesten verschillende troepenbewegingen worden ondergebracht en leveringen en werkzaamheden elders verricht worden door Alphenaren.
Daarna eindelijk een periode van rust, op een paar militaire doortochten, is er verder weinig overlast tot de Franse ontwikkeling.
De canon van Brabant noemt deze periode de jaren van stilstand. Een gewest bestuurt vanuit Den Haag. Een katholieke bevolking onder de duim gehouden door een kleine protestante minderheid. De ontwikkeling kwam vrijwel tot stilstand. De Alphense archieven tonen dit aan. De archieven zijn vanaf deze periode goed bewaard: jaarlijkse dorpsrekeningen, hoofdgeldlijsten, verponding en cijnsoverzichten, registraties van verkoop, voogdij- en boedelrekeningen, testamenten, delingen, armenzorg etc. De enige groei zijn toestemmingen tot enkele heide ontginningen, vooral eind 17e eeuw, mogelijk nodig om aan wat extra geld te komen. De bevolking blijft stabiel: in de 18e eeuw blijven de dopen op hetzelfde niveau: zo’n 40 per jaar. Grote kindersterfte, beperkt onderwijs, beperkte medische voorzieningen, een agrarische samenleving waarin het merendeel elke dag hard moet werken om het hoofd boven water te houden.
