Een nieuwe groep mensen kwam onze gebieden bevolken vanaf het midden van de vierde eeuw. Ook in Alphen lijkt het, want uit deze eeuw zijn er in 2014 munten gevonden bij Boshoven. Deze groep Franken, Merovingers genoemd, woonden wederom in een ander type boerderij en bovendien gebruikten ze hutkommen: kleine gebouwtjes half in de grond uitgegraven. Bij opgravingen op de Kerkakkers (de Landerije) zijn verschillende erven teruggevonden tot aan het begin van de zesde eeuw.
In 1950 maakt Alphen wederom naam in het gebied van archeologie. Er werd een Merovingisch grafveld gevonden in het verlengde van de Heuvelstraat achter de Molenstraat. Het onderzoek werd uitgebreid eind 2015. Skeletten zijn niet gevonden vanwege de bodemomstandigheden, maar het merendeel van de graven had wel prachtige grafgiften. We spreken niet alleen over aardewerk, metaal en glas, maar ook over mantelspelden, gespen, broches en andere juwelen zoals ringen en hangers met stenen. Ook wapens als messen, bijlen, lansen en zwaarden. Het streekmuseum heeft een prachtige schildknop in de collectie. De vondsten zijn van tweede helft 5e eeuw tot het midden van de 7e eeuw, wat grotendeels overeenkomt met de bewoning op Kerkakkers.
Elders in Alphen zijn vondsten die duiden op bewoning in aansluitende perioden, zoals bij opgravingen aan de randweg en bij de Willibrordusstraat.